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坐禅时，应先寻一处安静免打扰之地，同时使其干净整洁、采光适中，冬暖夏凉。
房间里最好供奉一尊文殊师利的雕像。如没有，任何佛或菩萨的雕像、绘画亦可。此外，在有条件的情况下，在祭坛上焚香并献上鲜花。
避免睡眠不充分或身体疲乏。打坐前适量进食但不可饮酒。清洁面部和手脚恢复精神。
避免不干净或奢华的衣服，另外，避免厚重的着装也是明智之举。坐禅时应着宽松整洁的服装。在日本禅宗的寺院里，袜子是不允许穿进禅堂的。
面向墙边放一个厚实的方垫，蒲团置于其上。坐下，脊椎根部放在蒲团的中心，蒲团一半于身后空置。双腿交叉，膝盖紧贴方垫
将右脚置于左腿上，左脚置于右腿上。交叉双腿，让脚尖与大腿外缘形成一条线。
简单将左脚置于右大腿上。当交叉双腿时，膝盖和脊椎底部应形成一个等边三角形。三个点支撑着身体的重量。莲华座(结跏趺坐)，交叉腿的顺序可以颠倒，而在半莲华座(半跏趺坐)，抬起对侧腿是可以接受的。
双膝紧贴垫子挺直下背部，将臀部向外推。臀部向前，挺直脊椎。收紧下巴伸展脖子，如同够到天花板一样。耳朵应与肩膀平行，鼻子和肚脐在一条线上。挺直背部后，放松肩膀，背部和腹部，但不改变姿势。坐直，不向四方倾斜。
右手掌心向上置于左脚上，左手亦然。两手拇指尖端应该彼此轻轻地接触，即法界定印。拇指尖端置于肚脐前，手臂与身体稍微分开。
紧闭双唇，舌尖顶住上颚置于齿后。
眼微睁，以大约45度的角度向下看。不要专注于任何特定的事，让万物皆映于眼中。如果闭上双眼，会容易陷入困倦或做白日梦。
静静地深深呼吸一次。微微张嘴，顺畅而缓慢地呼气。为了排出肺部的所有空气，需从腹部呼气。然后闭嘴继续自然地通过鼻子呼吸。这被称为欠気一息。
手掌手心向上置于膝上，从左到右摇摆你的上半身几次。在不移动臀部的情况下，移动躯干，就好像它是一根向一边倾斜的杆子，然后向另一边倾斜，这样腰部和臀部的肌肉就会得以拉伸。同样，也可以前后摇摆。开始动作幅度较大，逐渐变小，最后停止回到直坐的姿势。再一次结法界定印形成直立姿势。
坐禅中，用鼻子安静地呼吸。不要试图控制呼吸，让它来去自如，以至忘记正在呼吸。长呼吸长，短呼吸短，不要因为呼吸沉重而发出噪音。
不要专注于任何特定的对象或试图控制自己的思想。当保持恰当的姿势，平静呼吸，头脑自然也趋于平静。当纷乱的想法浮现在脑海中时不要与之缠斗，不追不避，让思绪独处，任由其自由出现和消失。坐禅的关键是从混乱和消沉中觉醒（觉触），并时刻回到正确的姿势。
当完成坐禅，合掌鞠躬。将手掌掌心向上置于腿上。摇摆身体数次，开始幅度较小，然后渐渐扩展。深呼吸，伸展双腿缓慢移动。特别是当腿还保留打坐姿势记忆时，一定不要突然站起来。
经行时，顺时针绕房间行走，双手叉手相握。腰部以上，姿势应该与坐禅一致。以右脚迈出第一步。每呼吸一次只需走半步。
平缓地步行就如同站在一个地方一样。不要拖脚或发出噪音。一直向前走，需转弯时一律右转。经行的意思便是直走。当修习结束，停下鞠躬，然后以正常的步调绕着房间走，直至回到自己的座位。
笔直地坐在椅子上，如同坐在蒲团上一般，不要向后倾斜。根据需要在座椅上和/或脚下使用方形支撑垫，以找到一个舒适的直立姿势。双手结法界定印置于腿上。
正坐的长凳
这是传统亚洲人坐姿的变体。它用膝盖和脊椎底部形成一个坐着的三角形，但是重心比坐在莲华座或半莲华座高一点。坐在正坐的长凳上，一个低矮的平台上，双腿折叠在长凳下面，膝盖紧贴垫子。也可以使用坚固的蒲团而不是长凳支持自己。
缅甸人的盘腿坐姿为坐禅提供了很好的稳定性。如果暂时不能坐全莲华座或半莲华座，在这种姿势下，像往常一样坐在蒲团上。双腿交叉，左腿和脚放在地板上，靠在右腿内侧大腿上。然后左腿在右边外面折叠，也由地板支撑。交叉腿的顺序可以颠倒。
关于坐禅期间的呼吸问题，道元禅师曾在他的语录集《永平广録》第五卷中说道：在我们的坐禅中，正确的坐姿是最重要的，然后，调节呼吸，收敛心神。小乘中，有两种基本的方法(初学者的练习)：一种是数息观，另一种是观察尘埃杂物。换句话说，小乘练习者通过数呼吸来调节他的呼吸。然而，佛祖的修行完全不同于小乘之道。一位祖师曾说过：“宁可有狡猾的狐狸的头脑，也不愿跟随小乘自控的道路。”今日在日本有两个小乘宗派，一为律宗(四分律)和基于阿毗达磨俱舍论的宗派(俱舍宗)。
还有一种大乘调节呼吸的方式，是认知长呼吸长，短的呼吸短。呼吸直达丹田并由此离开。尽管呼吸各异，但均经由丹田。所以，当使用腹式呼吸时，很容易意识到(生命的)无常，从而使心和谐。
先师天童说：“吸入的气息直至丹田，然而，这并不是来自什么地方。因此，它既不短也不长。呼出的气息离开了丹田，然而，不可能说出这口气到哪里去了。因此，它既不长也不短。”我的老师是这样解释的，如果有人问我如何协调呼吸，我会这样回答：“虽然它不是大乘佛教，但它与小乘不同；虽然它不是小乘，但它与大乘不同。如果进一步问到它最终是什么，我会回答吸气或呼气既不长也不短。”
（《永平广录》卷五原文：衲子坐禅，直须端身正坐为先，然后调息致心。若是小乘，元有二门，所谓数息不净也。小乘人以数息为调息，然而佛祖办道永异小乘。佛祖曰，虽发白癞野干之心，莫作二乘自调之行。其二乘者，如今流布于世四分律宗、俱舍宗等宗是也。大乘亦有调息之法，所谓，知是息长，是息短，乃大乘调息之法也。息至丹田还从丹田出，出入虽异，俱依丹田而入出。无常易晓，调心易得也。先师天童云，“息入来至丹田，虽然无从来处，所以不长不短。息出丹田去，虽然无得去处，所以不短不长。”永平或有人问，“和尚如何调息？”只向他道，“虽非大乘异小乘，虽非小乘异大乘。”他亦有问，“毕竟如何？”向他道，“出息入息，非长非短。”
