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坐禪時，應先尋一處安靜免打擾之地，同時使其乾淨整潔、採光適中，冬暖夏涼。
房間裡最好供奉一尊文殊師利的雕像。如沒有，任何佛或菩薩的雕像、繪畫亦可。此外，在有條件的情況下，在祭壇上焚香並獻上鮮花。
避免睡眠不充分或身體疲乏。打坐前適量進食但不可飲酒。清潔面部和手腳恢復精神。
避免不乾淨或奢華的衣服，另外，避免厚重的著裝也是明智之舉。坐禪時應著寬鬆整潔的服裝。在日本禪宗的寺院裡，襪子是不允許穿進禪堂的。
面向牆邊放一個厚實的方墊，蒲團置於其上。坐下，脊椎根部放在蒲團的中心，蒲團一半於身後空置。雙腿交叉，膝蓋緊貼方墊。
將右腳置於左腿上，左腳置於右腿上。交叉雙腿，讓腳尖與大腿外緣形成一條線。
簡單將左腳置於右大腿上。當交叉雙腿時，膝蓋和脊椎底部應形成一個等邊三角形。三個點支撐著身體的重量。蓮華座(結跏趺坐)，交叉腿的順序可以顛倒，而在半蓮華座(半跏趺坐)，抬起對側腿是可以接受的。
雙膝緊貼墊子挺直下背部，將臀部向外推。臀部向前，挺直脊椎。收緊下巴伸展脖子，如同夠到天花板一樣。耳朵應與肩膀平行，鼻子和肚臍在一條線上。挺直背部後，放鬆肩膀，背部和腹部，但不改變姿勢。坐直，不向四方傾斜。
右手掌心向上置於左腳上，左手亦然。兩手拇指尖端應該彼此輕輕地接觸，即法界定印。拇指尖端置於肚臍前，手臂與身體稍微分開。
緊閉雙唇，舌尖頂住上顎置於齒後。
眼微睜，以大約45度的角度向下看。不要專注於任何特定的事，讓萬物皆映於眼中。如果閉上雙眼，會容易陷入困倦或做白日夢。
靜靜地深深呼吸一次。微微張嘴，順暢而緩慢地呼氣。為了排出肺部的所有空氣，需從腹部呼氣。然後閉嘴繼續自然地通過鼻子呼吸。這被稱為欠氣一息。
手掌手心向上置於膝上，從左到右搖擺你的上半身幾次。在不移動臀部的情況下，移動軀幹，就好像它是一根向一邊傾斜的杆子，然後向另一邊傾斜，這樣腰部和臀部的肌肉就會得以拉伸。同樣，也可以前後搖擺。開始動作幅度較大，逐漸變小，最後停止回到直坐的姿勢。再一次結法界定印形成直立姿勢。
坐禪中，用鼻子安靜地呼吸。不要試圖控制呼吸，讓它來去自如，以至忘記正在呼吸。長呼吸長，短呼吸短，不要因為呼吸沉重而發出噪音。
不要專注於任何特定的物件或試圖控制自己的思想。當保持恰當的姿勢，平靜呼吸，頭腦自然也趨於平靜。當紛亂的想法浮現在腦海中時不要與之纏鬥，不追不避，讓思緒獨處，任由其自由出現和消失。坐禪的關鍵是從混亂和消沉中覺醒（覺觸），並時刻回到正確的姿勢。
當完成坐禪，合掌鞠躬。將手掌掌心向上置於腿上。搖擺身體數次，開始幅度較小，然後漸漸擴展。深呼吸，伸展雙腿緩慢移動。特別是當腿還保留打坐姿勢記憶時，一定不要突然站起來。
經行時，順時針繞房間行走，雙手叉手相握。腰部以上，姿勢應該與坐禪一致。以右腳邁出第一步。每呼吸一次只需走半步。
平緩地步行就如同站在一個地方一樣。不要拖腳或發出噪音。一直向前走，需轉彎時一律右轉。經行的意思便是直走。當修習結束，停下鞠躬，然後以正常的步調繞著房間走，直至回到自己的座位。
筆直地坐在椅子上，如同坐在蒲團上一般，不要向後傾斜。根據需要在座椅上和/或腳下使用方形支撐墊，以找到一個舒適的直立姿勢。雙手結法界定印置於腿上。
正坐的長凳
這是傳統亞洲人坐姿的變體。它用膝蓋和脊椎底部形成一個坐著的三角形，但是重心比坐在蓮華座或半蓮華座高一點。坐在正坐的長凳上，一個低矮的平臺上，雙腿折疊在長凳下麵，膝蓋緊貼墊子。也可以使用堅固的蒲團而不是長凳支持自己。
緬甸人的盤腿坐姿為坐禪提供了很好的穩定性。如果暫時不能坐全蓮華座或半蓮華座，在這種姿勢下，像往常一樣坐在蒲團上。雙腿交叉，左腿和腳放在地板上，靠在右腿內側大腿上。然後左腿在右邊外面折疊，也由地板支撐。交叉腿的順序可以顛倒。
關於坐禪期間的呼吸問題，道元禪師曾在他的語錄集《永平廣録》第五卷中說道：在我們的坐禪中，正確的坐姿是最重要的，然後，調節呼吸，收斂心神。小乘中，有兩種基本的方法(初學者的練習)：一種是數息觀，另一種是觀察塵埃雜物。換句話說，小乘練習者通過數呼吸來調節他的呼吸。然而，佛祖的修行完全不同於小乘之道。一位祖師曾說過：“寧可有狡猾的狐狸的頭腦，也不願跟隨小乘自控的道路。”今日在日本有兩個小乘宗派，一為律宗(四分律)和基於阿毗達磨俱舍論的宗派(俱舍宗)。
還有一種大乘調節呼吸的方式，是認知長呼吸長，短的呼吸短。呼吸直達丹田並由此離開。儘管呼吸各異，但均經由丹田。所以，當使用腹式呼吸時，很容易意識到(生命的)無常，從而使心和諧。
先師天童說：“吸入的氣息直至丹田，然而，這並不是來自什麼地方。因此，它既不短也不長。呼出的氣息離開了丹田，然而，不可能說出這口氣到哪裡去了。因此，它既不長也不短。”我的老師是這樣解釋的，如果有人問我如何協調呼吸，我會這樣回答：“雖然它不是大乘佛教，但它與小乘不同；雖然它不是小乘，但它與大乘不同。如果進一步問到它最終是什麼，我會回答吸氣或呼氣既不長也不短。”
（《永平廣錄》卷五原文：衲子坐禪，直須端身正坐爲先，然後調息致心。若是小乘，元有二門，所謂數息不淨也。小乘人以數息爲調息，然而佛祖辦道永異小乘。佛祖曰，雖發白癩野干之心，莫作二乘自調之行。其二乘者，如今流布于世四分律宗、俱舍宗等宗是也。大乘亦有調息之法，所謂，知是息長，是息短，乃大乘調息之法也。息至丹田還從丹田出，出入雖異，俱依丹田而入出。無常易曉，調心易得也。先師天童云，息入來至丹田，雖然無從來處，所以不長不短。息出丹田去，雖然無得去處，所以不短不長。永平或有人問，“和尚如何調息？”只向他道，“雖非大乘異小乘，雖非小乘異大乘。”他亦有問，“畢竟如何？”向他道，“出息入息，非長非短。”）
